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香港科技大学早于创校初期已与内地大学缔造学术联盟,与深圳市政府以及国内各部委、省内建立教育和科技领域合作。2001年4月,香港科技大学深圳研究院作为大学在内地发展的联络办事处在深圳注册成立,是香港科技大学在内地发展的重要平台,也是连接深港两地科研和学术交流的桥梁。2011年9月,港科大深圳产学研大楼正式启用,总建筑面积15000平方米,全部用于大学在深圳发展,预示着科大深研院技术转移发展的一个新里程。产学研大楼以研究院所拥有的顶尖人才、科研条件、孵化企业、与内地尤其是深圳业界的联系为依托,推动科研成果、产业课题在技术转移中心平台上进行进一步交流和碰撞。

香港科技大学在2011年至2016五年策略发展计划中,进一步确立了加强在内地发展的宏伟策略。深圳研究院将紧紧围绕这一策略目标,紧密结合深圳及珠三角产业发展要求,深入开展产学研项目服务,为大学前沿科学研究成果转化和与工商界的合作提供新的平台,协助大学达成促进国家经济与社会发展的使命。